机构设置
（一）办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及安全保密、政务公开、来信来访、卫生统计、新闻发布等工作。
（二）人事司。
拟订全国卫生人才发展规划和政策并指导实施；承担机关和直属单位的人事管理工作；会同有关方面拟订各类卫生专业技术人员资格标准并组织实施；组织指导卫生管理干部岗位培训工作。
（三）规划财务司。
拟订卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全国卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策的建议；组织拟订国家卫生装备管理办法和标准；拟订药品和医疗器械采购相关规范。
（四）政策法规司。
起草卫生法律法规草案，组织拟订卫生政策和标准；起草部门规章；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议和行政应诉工作。
（五）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（六）疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。
拟订全国重大疾病防治规划、国家免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；承办全国爱国卫生运动委员会、国务院防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（七）农村卫生管理司。
承担综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全国农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生司。
拟订妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；拟订妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（九）医政司。
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理。
