机构设置
15个职能司(厅)和6个直属事业单位
15个职能司(厅)：办公厅、 法制司、 财政审计司、 金融审计司、 行政事业审计司、 经贸审计司、 农业与资源环保审计司、 社会保障审计司、 固定资产投资审计司、 外资运用审计司、 外事司、 人事教育司、 直属机关党委、 监察局、 老干部局 。 6个直属事业单位：计算机技术中心、 机关服务局、 审计科研所、 干部培训中心、 中国审计出版社、 中国审计报社 。
25个派出审计局
25个派出审计局：外交外事审计局、 发展计划审计局、 经济审计一局、 经济审计二局、 贸易审计局、 国防工业审计局、 教育审计局、 科学技术审计局、政法审计局、 民族宗教审计局、 监察人事审计局、 资源环保审计局、 社会保障审计局、 建设建材审计局、 交通运输审计局、 信息邮政审计局、 农林水审计局、 文化体育审计局、 卫生药品审计局、 海关审计局、 经济执法审计局、 新闻通讯审计局、 旅游侨务审计局、 科学工程审计局、 地震气象审计局。
18个审计特派员办事处
18个审计特派员办事处： 京津冀特派员办事处、 太原特派员办事处、 沈阳特派员办事处、 哈尔滨特派员办事处、 上海特派员办事处、 南京特派员办事处、武汉特派员办事处、 广州特派员办事处、 郑州特派员办事处、 济南特派员办事处、 西安特派员办事处、 兰州特派员办事处、 昆明特派员办事处、成都特派员办事处、 长沙特派员办事处、 深圳特派员办事处、长春特派员办事处、重庆特派员办事处。
